„Верував во сѐ, но не верував дека Македонците ќе ме судат за Македонија“

Тој се борел за правата и за слободата на македонскиот народ, за вистината за Македонија.

Ченто се противи 15-от македонски корпус да оди на Сремскиот фронт, се залага за обединување и поголема самостојност на Македонија, се противи на враќање на имотот на избеганите српски колонисти и се залага за поголема финансиска независност и залагање за сопствен буџет на Македонија и на останатите југословенски републики. Комунистите пополека му ја одземаат реалната власт и поради несогласувањето со мерките што ги преземаат комунистите, Ченто на 14 март 1946 година поднесува оставка на функцијата претседател на Президиумот на Народното Собрание на Македонија.

Сака да се повлече од политиката и намира да живее во Прилеп, но на 14 јули е уапсен од полицијата пред својата куќа во Прилеп, а на 31 јули Министерството за внатрешни работи објавува дека Ченто бил уапсен поради обид за бегство во Грција. На 8 август против него е покренат обвинителен акт, а на 19 ноември е изведен пред суд во состав: Панта Марина (претседател) и Лазар Мојсов и Коле Чашуле, членови. Судењето трае доста кратко и по два дена, на 21 ноември, Ченто е осуден на 11 години затвор.

Умрел во Прилеп, на 24 јули 1957 година. Долги години по смртта, Методија Андонов-Ченто бил табу тема и ретко бил спомнуван во историските книги и учебници, а и јавните разговори поврзани со него биле строго забранети.

Во 1990 година, на барање на неговиот син Илија Андонов-Ченто е обновен судскиот процес против него и на 22 октомври, по повторената кривична пресуда, Окружниот суд во Скопје ја укина пресудата од 1946 година.

На 22 октомври 2010 година, претседателот на Република Македонија посмртно го одликувал Ченто со „Орден на Република Македонија“ орден кој го имаат само поранешните претседатели на Македонија и три реномирани македонски институции.